Już w październiku 1939 Mika włączył się w działalność konspiracyjną, współorganizował Tajną Organizację Wojskową, był porucznikiem Związku Walki Zbrojnej. Zajmował się łącznością radiową z dowództwem w Londynie. W nocy z 3 na 4 maja 1941 został aresztowany wraz z żoną. 9 czerwca 1941 został osadzony w niemieckim obozie koncentracyjnym Auschwitz, otrzymując numer obozowy 17216. Zmarł 7 listopada (podawana jest również data 17 października) tegoż roku, a jego ciało zostało skremowane.
Odznaczenia Krzyż Niepodległości (21 kwietnia 1937) „za pracę w dziele odzyskania niepodległości” s.2.. Srebrny Krzyż Zasługi.
Upamiętnienie Imię Józefiny i Emila Mików nosi Szkoła Podstawowa nr 2 w Lipnicy Wielkiej.
Wraz z żoną jest patronem jednej z ulic w Jabłonce.
24 kwietnia 1988 r. w Lipnicy Wielkiej, z inicjatywy Leona Rydla, na ścianie szkoły (dawniej Domu Ludowego Towarzystwa Szkoły Ludowej) odsłonięta została tablica upamiętniająca Emila Mikę i jego żonę, Józefę Machay-Mikową.
4 lipca 2020 Emil Mika upamiętniony został tabliczką na pomniku - Murze Orawskich Ojców Niepodległości w Lipnicy Wielkiej. Rok 2021 Rada Gminy Lipnica Wielka ogłosiła Rokiem Emila Miki, w jego ramach m.in.