Zachowanie Żywi się małymi glonami odcedzanymi z warstwy wody nad osadem dennym, w szczególności okrzemkami (Bacillariophyceae) z rodzaju Surirella. W trakcie żerowania powoli kroczy, raz po raz przystając. Flaming andyjski odzywa się wyższymi dźwiękami niż flaming chilijski (Phoenicopterus chilensis). Zazwyczaj wydaje z siebie kwaczące, podobne jak u kaczek KAH-KAH-kah-kah-kah, wysokie szczebiotliwe gwizdy, nosowe chrząknięcia lub płaczliwe, zawodzące gwizdy.
Lęgi Okres lęgowy trwa w grudniu i styczniu. Ptaki tworzą kolonie liczące do kilku tysięcy osobników. Gniazdo stanowi kopiec z mułu. Składa jedno białe jajo, które następnie wysiaduje blisko 28 dni. Młode w momencie wyklucia porasta szary puch; ma prosty dziób i jest karmione wydzieliną z wola, póki jego dziób nie osiągnie odpowiedniego do filtracji kształtu. Po trzecim roku życia przybiera szatę dorosłą.
Status zagrożenia i ochrona Przez IUCN gatunek klasyfikowany jest jako narażony (VU, Vulnerable), niezmiennie od 1994. Populacja w 2010 liczyła 38 600–38 700 osobników. W połowie XIX w. i ponownie w latach 80. zbierano jaja flamingów andyjskich w tysiącach sztuk rocznie w celach sprzedaży jako pożywienie.