W 1380 został stracony kanclerz Hu Weiyong pod zarzutem zorganizowania spisku w celu obalenia cesarza; po tym wydarzeniu Hongwu zlikwidował urząd kanclerza i przejął jego obowiązki jako cesarz i szef rządu. Z powodu rosnącej nieufności i podejrzliwości w stosunku do ministrów i poddanych, Hongwu utworzył Jinyi Wei – tajną policję wywodzącą się z jego straży pałacowej. W wyniku jej działań torturowanych było i poniosło śmierć około 100 tysięcy osób w czasie kilku czystek w ciągu 30 lat jego rządów.
Reformy cesarza Hongwu i odwrót od nich Unifikacja i przesiedlenia Według historyka Timothego Brooka, cesarz Hongwu próbował utrudnić mobilność społeczną poprzez stworzenie sztywnych, regulowanych przez państwo granic pomiędzy okręgami wiejskimi i większymi miastami oraz utrudnianie handlu i podróży bez zgody władz. Hongwu próbował również wpoić surowe zasady moralne poprzez narzucenie jednolitych ubiorów oraz sposobu mówienia i pisania, które miały nie dawać przewagi osobom lepiej wykształconym. Jego podejrzliwość wobec wykształconych elit dorównywała pogardzie wobec najbogatszych kupców, prowadząc do nałożenia wyjątkowo wysokich podatków na siedzibę wpływowych rodzin kupieckich w rejonie Suzhou w Jiangsu.