Premier Jarosław Kaczyński przyjął dymisję z funkcji ministra, pozostawiając jednocześnie Ludwika Dorna na drugim z tych stanowisk. Podanym publicznie powodem dymisji była rozbieżność zdań z premierem w „ważnej sprawie związanej z funkcjonowaniem resortu”. 8 lutego 2007 Ludwik Dorn został odwołany z funkcji ministra spraw wewnętrznych i administracji. Zastąpił go Janusz Kaczmarek, dotychczasowy prokurator krajowy.
27 kwietnia 2007 został odwołany przez prezydenta ze składu Rady Ministrów. W tym samym dniu Sejm powołał go na stanowisko marszałka SejmuUchwała Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 27 kwietnia 2007 r. w sprawie wyboru Marszałka Sejmu ().; w głosowaniu pokonał kandydata Platformy Obywatelskiej, Bronisława Komorowskiego stosunkiem głosów 235 do 189. Urzędowanie zakończył z dniem 4 listopada 2007.
Działalność od 2007 W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz czwarty z rzędu uzyskał mandat poselski, otrzymując 81 696 głosów. 5 listopada tego samego roku złożył rezygnację z funkcji wiceprezesa PiS, sprzeciwiając się polityce Jarosława Kaczyńskiego w partii. W tym samym miesiącu prezes PiS zawiesił go w prawach członka partii, co spowodowało wszczęcie przeciwko niemu postępowania dyscyplinarnego.