Dalsze dzieje Postępująca w całej Europie reformacja objęła również Strasburg. Jej rozwój zapoczątkowała działalność kaznodziei Johanna Geilera von Kaisersberg. Za zgodą rady miejskiej w 1524 katedrę przekazano w ręce protestantów. Powszechne w protestanckich krajach zachodniej Europy działania ikonoklastyczne miały również miejsce w Strasburgu, niemal w całości zniszczono wyposażenie katedry. 30 września 1681 katedra została oddana katolikom na mocy dekretu Ludwika XIV. Papież Leon XIII w 1892 nadał katedrze tytuł bazyliki mniejszej. Podczas drugiej wojny światowej, cenne rzeźby, wyposażenie zostały wywiezione. Gotyckie witraże zdjęto i przechowano w kopalni soli koło Heilbronn, w Niemczech. Działania wojenne ominęły katedrę. Witraże zwrócono społeczeństwu francuskiemu, dokonał tego działający przy armii amerykańskiej Wydział Dzieł Sztuk Pięknych i Archiwaliów. W 1988 podczas swej pielgrzymki do Francji świątynię odwiedził papież Jan Paweł II. Katedra stała się siedzibą powołanego przez niego arcybiskupstwa strasburskiego. W grudniu 2000 r.