Puczyści zwrócili się do Eduarda Szewardnadzego, który wówczas mieszkał w Moskwie, z propozycją objęcia stanowiska głowy państwa w pogrążonej w wojnie domowej Gruzji. Szewardnadze znajdował się wówczas na politycznej emeryturze, po rezygnacji ze stanowiska Ministra Spraw Zagranicznych ZSRR. Po rozpadzie ZSRR i politycznym zwycięstwie sił Borysa Jelcyna stał się osobą niechcianą w Rosji ze względu na swoje powiązania z poprzednim systemem i władzami komunistycznymi. Szewardnadze cieszył się renomą doświadczonego polityka, czego dowodem było jego wieloletnie pełnienie wysokich stanowisk w ZSRR. Inicjatorem zaproszenia Szewardnadzego do Gruzji był Awtandil Margiani, ostatni przywódca Komunistycznej Partii Gruzji przed upadkiem ZSRR.
W 1995 został wybrany na prezydenta większością 70% głosów. W 2000 zdołał zapewnić sobie drugą kadencję fałszując wynik wyborów. Szewardnadze przeżył dwie próby zamachów na swe życie (w 1995 i 1998). Za jego prezydentury, na tle terytorialno-nacjonalistycznym oraz w wyniku licznych prowokacji ze strony Gruzji, wybuchł konflikt wojenny na terenie Abchazji, który doprowadził do utraty kontroli nad Abchazją i później Osetią Południową oraz silnych tendencji separatystycznych w Adżarii. Wkroczenie wojsk Gossowietu Gruzji na teren Abchazji spowodowało śmierć 10 tys. ludzi, a 280 tys.