stał się tym samym najmłodszym członkiem Rady Prezydenta Kościoła od 1901, kiedy przez krótki czas w jej skład wszedł Rudger Clawson. Monson pozostał drugim doradcą także za trwającej niespełna rok prezydentury Howarda Huntera (1994-1995). Po śmierci Huntera w 1995 kolejny prezydent Gordon Hinckley powołał Monsona na pierwszego doradcę. W tym samym czasie Monsonowi, jako najstarszemu po prezydencie Hinckleyu członkowi Kworum Dwunastu Apostołów, przypadł tytuł przewodniczącego tego grona; wobec jednak tradycyjnego wyłączenia członków Rady Prezydenta Kościoła z pracy w Kworum jako tymczasowy przewodniczący występował nadal Boyd Packer (za prezydentury Huntera Packer był tymczasowym przewodniczącym Kworum, gdyż w Radzie Prezydenta Kościoła pracował i Monson, i Hinckley).

Tradycja Kościoła Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich sprawiła, że po śmierci Hinckleya, która miała miejsce 27 stycznia 2008 r. Thomas Monson został 4 lutego 2008 r. powołany na funkcję proroka i prezydenta Kościoła. Spośród grona apostołów Kościoła nowo powołany Prezydent dobrał Henry’ego B. Eyringa jako I Doradcę i Dietera F. Uchtdorfa, jako II Doradcę.