Dalsze swe życie związał z niepodległą Litwą, wycofując się z życia politycznego i poświęcając pracy zawodowej i naukowejRimantas Miknys, Leszek Zasztowt, Michał Romer i jego metryka w: Michał Römer, Dzienniki 1911–1913, t.1, wyd. Ośrodek Karta, Warszawa 2017–2018, , s. 28..
Po zajęciu Wilna przez wojska generała Lucjana Żeligowskiego w październiku 1920 roku odmówił przyjęcia urzędu premiera Litwy Środkowej, wystosował otwarty list protestacyjny do Józefa Piłsudskiego i wyjechał do Kowna. W latach 1921–28 zasiadał w litewskim Sądzie Najwyższym, po 1922 roku pracował w Uniwersytecie Litewskim Witolda Wielkiego, w katedrze prawa. W latach 1927–1928 i 1933–1939 był rektorem tej uczelni.
W 1932 roku reprezentował Litwę w Trybunale Haskim, gdzie sądził w sprawie wypadków w Kłajpedzie związanych z działalnością Otto Böttchera.
Jest uważany za jednego z najwybitniejszych specjalistów od prawa (w tym konstytucyjnego) międzywojennej Litwy. W 2004 roku jego imię nadano Litewskiemu Uniwersytetowi Prawa w Wilnie.
Pozostawił po sobie wiele tysięcy stron pisanych po polsku dzienników, obejmujących lata 1911–1945. Ich sześciotomowy wybór ukazał się w Warszawie w latach 2017–2019, nakładem Wydawnictwa KartaMichał Römer, Dzienniki 1911–1945, t. 1–6, wyd.