W 1995 wymierzono mu karę 8 miesięcy pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania za przyjęcie łapówki po procesie, w którym skazano także m.in. Bettina Craxiego.
Wcześniej, jesienią 1994, po zaledwie kilku miesiącach doprowadził do wyjścia Ligi Północnej z koalicji, doprowadzając wówczas do upadku rządu Silvia Berlusconiego. W 1996 w imieniu swojego ugrupowania proklamował Federalną Republikę Padanii, zgłaszając postulaty oderwania się północnych regionów Włoch od reszty kraju. W 2000 Liga Północna porzuciła postulaty secesjonistyczne, opowiadając się za wzmacnianiem roli regionów przy zachowaniu struktur centralnych.
Przed wyborami parlamentarnymi w 2001 Umberto Bossi doszedł do porozumienia z Silviem Berlusconim, przystępując ze swoją partią do Domu Wolności. Po zwycięstwie tego bloku w nowym rządzie objął stanowisko ministra do spraw reform federalnych, które zajmował od 11 czerwca 2001. 11 marca 2004 przeszedł udar mózgu, w wyniku którego utracił w pewnej mierze zdolność mówienia. Podobnie jak wielu liderów partyjnych wystartował w wyborach do Parlamentu Europejskiego w tym samym roku. Po uzyskaniu mandatu 19 lipca 2004 zrezygnował ze stanowiska ministra.