Od tego momentu Zegar pojawiał się na okładce każdego kolejnego wydania.
W styczniu 2007 projektant Michael Bierut wchodzący w skład zarządu Bulletin stworzył nowy wygląd zegara odpowiadający współczesnej estetyce. W 2009 Bulletin przestał być drukowany i zaczął wychodzić w formie całkowicie cyfrowej – od tego momentu Zegar jest częścią logo na stronie internetowej czasopisma. Zdaniem Bulletin Zegar przyciąga znacznie więcej odwiedzających stronę niż jakikolwiek inna zawartość.
Krytyka Anders Sandberg z Instytutu Ludzkiej Przyszłości stwierdził w 2016 roku, że „cały worek zagrożeń” aktualnie przedstawianych przez Zegar może powodować paraliż i w konsekwencji być kontrproduktywne.
Alex Barash na łamach Slate stwierdził, że „utrzymywanie ludzkości w stanie permanentnego, wysokiego poczucia zagrożenia nie jest pomocne ani dla polityki, ani dla nauki”. Skrytykował on Bulletin of the Atomic Scientists za to, że nigdy nie próbował wyjaśnić metodologii ustawiania Zegara, ani oprzeć jej na ścisłych i mierzalnych wskaźnikach.