Gdy 2 października 1919 r. prezydent doznał rozległego wylewu krwi do mózgu, po którym miał sparaliżowaną lewą stronę ciała, Edith zataiła fakt choroby męża, utrzymując iż jest on tylko przemęczony. W czasie jego choroby i związanej z nią siedmiomiesięcznej nieobecności uczestniczyła w posiedzeniach rządu i przejmowała dokumenty adresowane do prezydenta, pozwalając członkom gabinetu na zajmowanie się pozostałymi kwestiami. Z tego powodu pojawiły się podejrzenia, że pierwsza dama podejmuje polityczne decyzje i przejmuje kontrolę nad rządem. Przez przeciwników politycznych Wilsona, była nazywana m.in.: „sekretnym prezydentem”, „panią prezydent”, „Pierwszym Mężem Stanów Zjednoczonych” lub „regentką”, niemniej jej aktywność i zakres władzy w tym okresie czyni ją jedną z najbardziej kontrowersyjnych pierwszych dam w historii USA.
Po powrocie do zdrowia, prezydent rozważał kandydowanie na trzecią kadencję, aby jeszcze raz spróbować przekonać Senat do ratyfikacji traktatu wersalskiego, jednak Edith sprzeciwiła się temu pomysłowi.