W harmonogramie wdrażania systemu ECS przewidziano okres przejściowy, w którym funkcjonować będą zarówno zgłoszenia elektroniczne, jak i papierowe. Od 1 lipca 2009 r. złożenie zgłoszenia w formie papierowej lub na nośnikach elektronicznych, tj. dyskietkach, CD-ROM-ach itp. będzie możliwe tylko w ściśle określonych, wyjątkowych sytuacjach (w tzw. procedurze awaryjnej). Polska wersja aplikacji obsługującej system ECS, przeznaczonej dla administracji celnej w celu obsługi zgłoszenia wywozowego składanego przez przedsiębiorców polskich lub z innych krajów UE, zapewniać będzie obsługę zgłoszeń wywozowych na granicy lądowej (drogowej i kolejowej), morskiej i lotniczej.
Podstawa prawna dla systemu ECS Rozporządzenie (WE) nr 648/2005 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 13 kwietnia 2005 r. zmieniające rozporządzenie Rady (EWG) nr 2913/92 ustanawiające Wspólnotowy Kodeks Celny (DZ. U. L 117 z 4.5.2005, str. 13). Rozporządzenie Komisji (WE) nr 1875/2006 z dnia 18 grudnia 2006 r. zmieniające rozporządzenie (EWG) nr 2454/93 ustanawiające przepisy w celu wykonania rozporządzenia Rady (EWG) nr 2913/92 ustanawiającego Wspólnotowy Kodeks Celny (DZ. U. L 360 z 19.12.2006 r., str. 64)