W 2003 roku Hiszpan na zasadzie wolnego transferu trafił do Deportivo La Coruña. W nowym zespole był wystawiany na pozycji lewoskrzydłowego. W sezonie 2003/2004 rozegrał 21 spotkań w Primera División, jednak tylko 6 w podstawowym składzie. Do pierwszej jedenastki przebił się w kolejnych rozgrywkach, kiedy to zastąpił w wyjściowym składzie wieloletniego zawodnika oraz kapitana Deportivo – Frana Gonzáleza, który zakończył piłkarską karierę.
W lipcu 2006 roku Munitis po raz trzeci w karierze trafił do Racingu Santander. Stał się podstawowym graczem tej drużyny, jednak nie odnosił z nią żadnych sukcesów. W sezonie 2007/2008 Santander zajęło w tabeli Primera División 6. miejsce i wywalczyło awans do Pucharu UEFA. Racing najpierw wyeliminował fiński klub FC Honka, a następnie odpadł z rozgrywek w rundzie grupowej.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Hiszpanii Munitis zadebiutował 27 marca 1999 roku w wygranym 9:0 pojedynku przeciwko Austrii. Rok później José Antonio Camacho powołał go do 22–osobowej kadry na Mistrzostwach Europy 2000. Na turnieju tym Hiszpanie dotarli do ćwierćfinału, a na imprezie Munitis zdobył bramkę w zwycięskim 4:3 meczu z Jugosławią.