Na V Nadzwyczajnym Zjeździe ZPB w listopadzie 2000 został wybrany prezesem organizacji, zastępując Tadeusza Gawina. Niedługo po swoim wyborze na prezesa ZPB oświadczył, że Związek nie będzie popierać żadnej opcji politycznej i będzie się zajmować wyłącznie sprawami polskimi, w tym szczególnie troszczyć się o interesy Polaków na Białorusi. Jak twierdzą przeciwnicy Kruczkowskiego, po tym oświadczeniu organizacja zawiesiła wszystkie kontakty z białoruskimi organizacjami pozarządowymi oraz partiami opozycyjnymi.
W 2005 r. Tadeusz Kruczkowski przegrał wybory na prezesa ZPB. Według oceny jednej strony, przyczyną porażki była krytyka stylu sprawowania władzy przez dotychczasowego prezesa, zbyt bliskie związki z , a także skandal obyczajowy, w jaki wplątany został przewodniczący. Po przegranych wyborach Kruczkowski nie zrezygnował z walki o władzę w Związku. W lipcu wspierany przez milicję i OMON wdarł się do siedziby organizacji w Grodnie, skąd zostali wyrzuceni działacze ZPB oraz kierownictwo, w tym Andżelika Borys.