Jako pierwszy opracował stosowanie piłki Gigliego do kraniotomii (chirurgicznego otwarcia czaszki) w 1897 r.
Jako pierwszy zwrócił uwagę na objaw wzmożonych ruchów robaczkowych w pierwszej fazie niedrożności mechanicznej jelita.
Zajmował się chirurgią dróg moczowych, w której wprowadził własną metodę umocowania nerki.
Jako pierwszy na ziemiach polskich zastosował rentgenografię do diagnostyki chirurgicznej. Wykorzystał zdjęcie rentgenowskie łokcia pacjenta po przebytym urazie, wykonane przez prof. Karola Olszewskiego w dniu 7 lutego 1896 roku w Zakładzie Chemicznym UJ (miesiąc po ukazaniu się informacji o odkryciu promieniowania rentgenowskiego przez Wilhelma Röntgena).
W 1896 r. jako pierwszy przeprowadził operację wycięcia żołądka i poprzecznicy. Był założycielem i prezesem Krakowskiego Ochotniczego Towarzystwa Ratunkowego. thumb|240px|Grób prof. Alfreda Obalińskiego na cmentarzu Rakowickim Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera M, rząd wsch.).