Odpowiadał za przygotowanie ich do lotu i transport promów z bazy lotniczej Edwards w Kalifornii do KSC. 1990–1992 – pełnił funkcję dyrektora programu Space Shuttle w kwaterze głównej NASA w Waszyngtonie. 31 grudnia 1991 opuścił korpus astronautów NASA. 1992–1995 – był dyrektorem KSC. Odpowiadał za realizację programu lotów wahadłowców.
Loty załogowe STS-1 – Columbia F-1 12 kwietnia 1981, w 20 rocznicę lotu Jurija Gagarina, Robert Crippen wystartował po raz pierwszy w kosmos na pokładzie wahadłowca Columbia. Misją dowodził weteran lotów kosmicznych John Young, dla którego był to piąty start. STS-1 to pierwszy załogowy lot programu Space Shuttle. Zasadniczym celem misji było przetestowanie wszystkich systemów wahadłowca w warunkach realnego lotu kosmicznego i bezpieczne sprowadzenie go na Ziemię. Ładunkiem użytecznym podczas tej misji były instrumenty rejestrujące pracę urządzeń Columbii. Start promu odbył się bez zakłóceń, zgodnie z harmonogramem. W dwie godziny po starcie załoga otworzyła drzwi ładowni i rozpoczęła realizację programu lotu. Przed rozpoczęciem operacji lądowania astronauci dwukrotnie otworzyli i zamknęli ładownię, aby sprawdzić czy długotrwałe działanie promieni słonecznych nie spowodowało wypaczenia drzwi.