Urząd Zwierzchni Sytuację i zakres uprawnień starosty generalnego zmienił się w okresie wojny trzydziestoletniej. Gdy po zwycięstwie Habsburgów dążyli oni do centralizacji swej władzy. W 1629 r. król Ferdynand II Habsburg powołał Urząd Zwierzchni (niem. Oberamtsregirung, Oberamt), jako najwyższy organ administracyjny, zależny od króla. Starosta generalny stał się już tylko zarządzającym „Królewskim Urzędem Zwierzchnim w Księstwie Górnego i Dolnego Śląska”. Poza Starostą urzędnikami Urzędu był kanclerz oraz 3 radców (jeden szlachcic, dwaj znawcy prawa). Po zwiększeniu się liczby radców dzielili się na ławę rycerską i ławę uczonych.
W 1672 r. król ustanowił stanowisko dyrektora Urzędu Zwierzchniego, do którego obowiązków należało kierowanie pracami Urzędu. Pierwszym dyrektorem został Krzysztof Leopold Schaffgotsch. W 1674 r. wobec wakatu na urzędzie starosty król i cesarz Leopold I Habsburg przekazał dyrektorowi pełnienie obowiązków starosty. W 1676 r. powołano już kolejnego starostę generalnego, dyrektor nadal pełnił swe funkcje, co wzbudzało duże kontrowersje wśród stanów. W 1719 r. po rezygnacji z urzędu starosty przez biskupa Ludwika Filipa zu Neuburga, tymczasowo jego kompetencje i zadania powierzył ponownie dyrektorowi Urzędu, którym był wówczas hr. Jan Antoni Schaffgotsch.