W 1885 roku dyrektorem szkoły został historyk Mieczysław Rawita−Witanowski, funkcję tę pełnił do 1898. Po odejściu ze szkoły Rawity−Witanowskiego szkoła popadła w kryzys, związany z częstymi zmianami w kadrze pedagogicznej i obniżeniem się poziomem nauczania. W 1904 roku Szkoła Realna została zlikwidowana.
W 1904 roku budynek po Szkole Realnej przejęła szkoła kupiecka K. Andrzejczaka, przekształcona następnie w 4-klasową Szkołę Handlową. Kierownikiem szkoły był K. Andrzejczak, a przewodniczącym Rady Opiekuńczej Władysław Klimaszewski, który w 1904 osobiście wyjechał do Petersburga, gdzie uzyskał zatwierdzenie statutu dla szkoły na prawach rządowych i językiem polskim wykładowym. Podczas rewolucji 1905 roku uczniowie Szkoły Handlowej rozpoczęli strajk i 7 marca 1905 roku złożyli do władz oświatowych petycję, w której żądali wprowadzenia języka polskiego jako języka wykładowego i administracyjnego. W pierwszych dniach września tego samego roku Rada Opiekuńcza zrzekła się praw szkoły miejskiej i wprowadziła język polski jako wykładowy. Po tym wydarzeniu, strajkująca młodzież z innych kolskich szkół zaczęła masowo przepisywać się do Szkoły Handlowej, doszło również do wybicia szyb w domach kierowników innych szkół oraz w samych gmachach szkolnych.