Dawniej dolina była wypasana, wchodziła w skład Hali Strążyskiej. Najstarsze odnalezione dokumenty wzmiankujące o dolinie pochodzą z 1605 r., a nazwa Strążyska pojawia się już w 1669 r. W 1961 r. polanę przejął TPN i pasterstwo zlikwidowano. Droga przez dolinę została wykonana przez dwór zakopiański i Towarzystwo Tatrzańskie w latach 1893–1896.
Dolina Strążyska jest bardzo popularnym celem turystów, ze względu na jej dużą atrakcyjność, a także dlatego, że prowadzi tędy szlak turystyczny na Giewont. U wylotu doliny znajduje się willa „Roma” i parking, dojeżdżają też tutaj busy.
Mimo bliskości Zakopanego i masowego ruchu turystycznego w dość dobrym stanie zachowały się lasy. Na Samkowej Czubie i na Grześkówkach są jeszcze płaty pierwotnego lasu bukowo-jodłowego i występują z rzadka cisy. Północne ściany Giewontu porasta bogata flora roślin wapieniolubnych. Stwierdzono w dolinie występowanie takich rzadkich w Polsce roślin, jak: jarząb nieszpułkowy, rozrzutka alpejska, sosna drzewokosa, tojad Kotuli, irga kutnerowata, złoć mała.