Początek lat 2000. charakteryzował się kryzysem taborowym. W celu poprawy stanu floty, rozpoczęto zakup autobusów używanych, głównie niskopodłogowych MAN i Mercedes. Dostarczono także nowe pojazdy – Solaris Urbino 12 i Urbino 18, MAN EL283 i Mercedes O345G. W 2006 flotę odświeżyły 43 nowe MANy, będące pierwszymi pojazdami kupionymi przy wsparciu Unii Europejskiej. Wyposażono je w system monitoringu i zapowiedzi głosowe. W 2008 roku 50% taboru stanowiły pojazdy niskopodłogowe.
Od 2010 roku rolę organizatora komunikacji miejskiej pełni Zarząd Białostockiej Komunikacji Miejskiej (BKM). W latach 2010–2013 wymieniono około 60% taboru autobusowego, wprowadzając pierwsze autobusy klimatyzowane – Solaris. W 2013 roku pojawił się pierwszy autobus hybrydowy. Dzięki modernizacji taboru, w marcu 2010 wycofano ostatnie Ikarusy 280 i Jelcze M11, w maju 2012 – ostatnie Jelcze PR110, w lutym 2018 – ostatni autobus używany drugiej generacji MAN (NG262), a pod koniec września 2019 z ulic ostatecznie zniknęły autobusy Jelcz (120MM/2).