Zarząd fundacji odpowiada za realizacje jej celów oraz kieruje bieżącą działalnością FMM. Zarząd wybierany jest na trzyletnią kadencję drogą konkursu przeprowadzonego wśród wolontariuszy fundacji. W skład zarządu według stanu na dzień 23 marca 2023, wchodzą: Sebastian Uzar (prezes), Joanna Musiał (wiceprezeską). Aleksandra Ludew, Michalina Kwiatkowska, Kamila Śliwowska. Nad działalnością zarządu nadzór sprawuje rada programowa w skład której wchodzą: Małgorzata Dankowska, Małgorzata Łaszcz (dziennikarka TVN 24), dr n. med. Teresa Weber-Lipiec, Wojciech Skorupski.
Finansowanie działań fundacji Fundacja pozyskuje pieniądze na realizację poszczególnych marzeń z:
a) darów rzeczowych i pieniężnych osób indywidualnych
b) wpłat z tytułu odpisu 1% podatku dochodowego na rzecz organizacji pożytku publicznego
c) zbiórek publicznych w formie pakowania zakupów w supermarketach w zamian za dobrowolne datki (nie prowadzi się kwest ulicznych)
d) środków przekazywanych przez firmy i organizacje wspierające działania fundacji w ramach programu „Adopcja Marzeń”
e) środków przekazanych przez gości uroczystości weselnych i pogrzebowych w ramach programu „Zamień kwiaty na marzenia”
f) nawiązek i świadczeń zasądzonych przez sądy karne.