Kolejne sezony nie były już tak owocne i kibice musieli się zadowolić grą swojego zespołu w środku tabeli II ligi, a nawet w sezonie 2011/2012 musieli do końca drżeć o ligowy byt Nysy, która w fazie play out o utrzymanie się w rozgrywkach II ligi ostatecznie uporała się z MCKiS Jaworzno, wygrywając rywalizację 3-2, ratując tym samym II ligę dla Kłodzka. W maju 2015 klub pod wodzą trenera Marcina Radomskiego zaliczył historyczny sezon i wywalczył awans do upragnionej przez wielu kibiców i działaczy I ligi. Jako beniaminek tych rozgrywek zajął w sezonie 2015/2016 wysokie 8. miejsce, dające udział w fazie play off o awans do ekstraklasy, w którym to uległ późniejszemu tryumfatorowi ligi, Miastu Szkła Krosno. Po 3 latach spędzonych na zapleczu ekstraklasy, w sezonie 2017/18 po przegranej rywalizacji play-off z Pogonią Prudnik zespół spadł do II ligi. Od sierpnia 2018 r. szkoleniowcem drużyny został znany i ceniony w środowisku trenerskim Jerzy Chudeusz. W sezonie 2018/2019 drużyna rywalizowała w II lidze gr.D. Po zajęciu drugiego miejsca w sezonie