Przypuszczalnie nachalność w proponowaniu reform dla ziem zachodnich Imperium była powodem skierowania Stroganowa na bezterminowy urlop, celem „podreperowania zdrowia” (29 czerwca 1862).
W 1863 osiadł w Odessie i poświęcił się działalności społecznej. W 1859–1891 kierownik Carskiej Komisji Archeologicznej. W 1870 został wybrany prezesem Odeskiego Towarzystwa Historii i Starożytności. W 1884 został prezesem Towarzystwa Rolniczego Południowej Rosji. Był także prezesem Cesarskiego Towarzystwa Mineralogicznego (od 1841). Zmarł w 1891, pochowany na Starym Cmentarzu. Swój pokaźny księgozbiór przekazał testamentem bibliotece Uniwersytetu Noworosyjskiego.
Odznaczenia i nagrody W 1862 rada miejska Odessy nadała Stroganowowi tytuł honorowego obywatela miasta. Był wielokrotnie odznaczany wysokimi odznaczeniami rosyjskimi i zagranicznymi:
Rosyjskie:
Order św. Anny – IV kl. (1813) za zasługi w boju, II kl. (1826), I kl. (1832); Order św. Włodzimierza – IV kl. z kokardą (1814), II kl. (1833), I kl. (1862); Order św. Jerzego – IV kl. (1834) za 25-lecie służby wojskowej; Order Orła Białego (1850), Order św. Andrzeja (1881), Order św.