W 1996 został postawiony przez ówczesnego Ministra Spraw Wewnętrznych Zbigniewa Siemiątkowskiego przed alternatywą dobrowolnego zwolnienia się ze służby lub wyrzucenia z niej na podstawie art. 29 ust. 2 pkt 5 ustawy o Urzędzie Ochrony Państwa, zezwalającego na usunięcie oficera „dla dobra” służby. Zacharski napisał podanie o zwolnienie i jeszcze tego samego dnia opuścił Polskę.

Emigracja thumb|190px|Marian Zacharski z książką „Kody wojny” Od połowy 1996 roku przez następne 17 i pół roku Zacharski nie przyjeżdżał do kraju. Swoje przeżycia przedstawił najpierw w zrealizowanym przez telewizję TVN dokumentalno-fabularnym serialu „Szpieg”, a następnie w dwuczęściowej biografii Nazywam się Zacharski. Marian Zacharski oraz Rosyjska Ruletka. W kolejnych latach skupił się na poszukiwaniach w archiwach zachodnich, głównie niemieckich, dokumentów związanych z walką wywiadów Niemiec i Polski w latach 1918–1945. Napisał pięć książek historycznych oraz wydał reprint księgi szyfrowej przedwojennej polskiej marynarki wojennej MAR-3.

Życie prywatne W styczniu 1975 roku ożenił się z Barbarą, miał z nią dwie córki – Małgorzatę i Karolinę. Od 1996 roku na stałe mieszka poza Polską. Jego córki ukończyły najlepsze szkoły ivy league (pozostały w Polsce).