Od połowy maja 1941 „Napier” brał udział w bitwie o Kretę. 20 maja eskortował pancerniki HMS „Barham” i „Queen Elizabeth” i lotniskowiec HMS „Formidable” bombardujące niemieckie lotnisko na wyspie Karpathos (Scarpanto) i w zatoce Pogadia. W nocy 26/27 maja osłaniał z oboma pancernikami operację wysadzenia wojska i ewakuacji w zatoce Suda na Krecie. W nocy 28/29 maja w składzie Zespołu C, wraz z HMAS „Nizam”, HMS „Kelvin” i „Kandahar”, ewakuował 1000 żołnierzy ze Sfakii do Aleksandrii (w tym „Napier” 296 i 17 innych osób.244 według G.B. Mason...). Podczas powtórnej operacji 30/31 maja z niszczycielem „Nizam”, „Napier” ewakuował 709 osób, lecz w drodze powrotnej oba zostały uszkodzone bliskimi wybuchami niemieckich bomb. „Napier” odniósł uszkodzenia w maszynowni1 May, Thursday..