Kariera reprezentacyjna Pepe ma za sobą występy w młodzieżowych reprezentacjach Włoch. Występował w drużynach do lat 17, 19, 20 oraz 21, dla których łącznie rozegrał 35 spotkań i zdobył 15 goli. W 2006 wystąpił na nieudanych dla Włochów Młodzieżowych Mistrzostwach Europy, jednak nie wystąpił tam w ani jednym spotkaniu.
W seniorskiej reprezentacji Włoch Pepe zadebiutował 11 października 2008 w zremisowanym 0:0 meczu z Bułgarią w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata 2010. W 2009 Marcello Lippi powołał go do kadry na Puchar Konfederacji, a w 2010 na Mistrzostwa Świata. Z obu tych imprez Włosi odpadali w rundzie grupowej.
Statystyki stan na 11 lipca 2011 Sezon Klub Liga Puchar Europa ŁącznieRozgrywkiMeczeGoleRozgrywkiMeczeGoleRozgrywkiMeczeGoleMeczeGole 2001/2002 AS Roma Serie A 0 0 Puchar Włoch 0 0 Liga Mistrzów 0 0 0 0 2001/2002 → Lecco Serie C1 5 0 – – – – – – 5 0 2002/2003 → Teramo Serie C1 31 11 Puchar Serie C X X – – – 31 11 2003/2004 US Palermo Serie B 19 1 Puchar Włoch 5 2 – – – 24 3 2004/2005 → Piacenza Serie B 30 12 Puchar Włoch 2 1 – – – 32 13 2005/2006 US Palermo Serie A 3 0 Puchar Włoch 0 0 Puchar UEFA 3 0 6 0 2005/2006 Udinese Calcio Serie A 6 0 Puchar Włoch 3 0 Puchar UEFA 0 0 9 0 2006/2007 → Cagliari Calcio Serie A 36 3 Puchar Włoch 3 0 – – – 39 3 2007/2008 Udinese Calcio Serie A 33 3 Puchar Włoch 1 0