Pierwszym proboszczem został ks. Józef-Jan Żmigrodzki z Niemirowa na Podolu, który w 1930 roku został przez Rosjan skazany na 7 lat obozu pracy i zmarł w 1935 na Wyspach Sołowieckich. Kościół był użytkowany przez katolicką społeczność Kijowa do 21 marca 1938 r., gdy zamknęły go władze radzieckie, przeznaczając pomieszczenia na cele gospodarcze.
W 1978 r. Rada Ministrów USRR przekazała budynek na cele muzyczne, od tego czasu odbywały się tu koncerty muzyki organowej. Starania ukraińskich katolików o zwrot świątyni przez 29 lat kończyły się niepowodzeniem, choć od 1991 roku co niedzielę odbywają się w kościele msze święte (w języku ukraińskim, polskim i łacińskim).
25 czerwca 2001 r. kościół odwiedził papież Jan Paweł II w ramach swej pielgrzymki duszpasterskiej na Ukrainę.
Na początku XXI w. świątynia stopniowo popada w ruinę z powodu działania wód gruntowych, drgań wywoływanych przez przechodzącą pod nią linię metra oraz braku koniecznych remontów. Renowacja świątyni na koszt wspólnoty katolickiej nie była możliwa, bo kościół nie należał do niej, a był tylko dzierżawiony od miasta Kijowa, który z kolei odmawiał środków na remont. We wrześniu 2020 roku rząd ukraiński ogłosił zamiar wybudowania gmachu dla Domu Muzyki Organowej do 2023 roku i następnie przekazanie kościoła św.