Po wybuchu pierwszej wojny światowej próbował wstąpić w szeregi armii, jednak jego kandydatura została odrzucona — uznano, iż lepiej przysłuży się ojczyźnie lecząc rannych. Szpital, w którym pracował, został przejęty przez wojsko, a sam Moscati odwiedzał i leczył około 3000 żołnierzy.
W 1919 otrzymał nominację na ordynatora III Sali Nieuleczalnie Chorych, a w 1922 — tytuł docenta nauk ogólnoklinicznych, co pozwoliło mu zostać wykładowcą. Rok później reprezentował Włochy na Międzynarodowym Kongresie Fizjologii w Edynburgu.
Śmierć thumb|200px|Wnętrze kościoła Gesù Nuovo Giuseppe Moscati zmarł 12 kwietnia 1927. Jak każdego dnia, rano uczestniczył w Mszy świętej i przystąpił do Komunii; później pracował w szpitalu. Po powrocie do domu i zjedzeniu posiłku przyjmował pacjentów. Po południu źle się poczuł i zmarł w fotelu w swoim gabinecie. Jego śmierć poruszyła wiele osób, w sposób szczególny najuboższych pacjentów, którzy wielokrotnie doświadczyli jego troskliwości.
Moscati został pochowany na cmentarzu Poggio Reale, ale trzy lata później jego zwłoki zostały ekshumowane i spoczęły w kościele Gesù Nuovo w Neapolu.