W 2002 roku Distin znów zmienił barwy klubowe. Przeszedł do Manchesteru City za 4 miliony funtów, stając się najdroższym obrońcą w historii klubu. Swój pierwszy mecz w nowej drużynie zaliczył 17 sierpnia, ale uległa ona Leeds United 0:3. Od początku występował w pierwszej jedenastce „The Citizens”, a za swoją postawę w sezonie 2002/2003 został wybrany Piłkarzem Roku w swoim klubie. City zajęło 9. miejsce w lidze. W sezonie 2003/2004 Distin został wybrany kapitanem zespołu, po tym jak karierę zakończył Algierczyk Ali Benarbia. W 2005 roku zajął z City 8. pozycję w Premiership.
22 maja 2007 Distin zdecydował się opuścić Manchester i na zasadzie wolnego transferu przeszedł do Portsmouth F.C., z którym podpisał 3-letni kontrakt. Został mianowany wicekapitanem zespołu. W „The Pompeys” zadebiutował 11 sierpnia w zremisowanym 2:2 meczu z Derby County. 17 maja 2008 roku zdobył swoje pierwsze trofeum w Anglii wygrywając w barwach Portsmouth FA Cup.