W 1983, 1986 i 1987 roku Polonez zdobył Puchar Polski na szczeblu Warszawskiego OZPN. W latach 80. XX wieku klub wystąpił pięciokrotnie w centralnych rozgrywkach Pucharu Polski, jednak odpadał po I rundzie w sezonie 1981/1982 i 1986/1987, po II rundzie w sezonie 1980/1981 i 1987/1988, a w sezonie 1983/1984 drużyna po raz drugi w historii doszła do 1/16 finału, eliminując po drodze m.in. Polonię Warszawa, gdzie przegrała na własnym boisku z Górnikiem Zabrze 1:2. Ostatni raz w rozgrywkach centralnych Polonez zagrał w sezonie 1987/1988 III ligi, gdzie zajął 12. miejsce i spadł do IV ligi. Na przełomie 1993 i 1994 roku FSO zaprzestała sponsorowania zespołu, w wyniku czego został on rozwiązany.
Do 1990 roku w drużynie występował Wojciech Kowalczyk – reprezentant Polski w piłce nożnej, który w 1992 roku zdobył z kadrą narodową srebrny medal na igrzyskach olimpijskich w Barcelonie.
W marcu 2007 roku zostało założone Stowarzyszenie Piłkarskie Polonez Warszawa, nawiązujące nazwą do MZKS Polonez i występujące na stadionie przy Łabiszyńskiej, prowadzące tylko piłkarskie grupy młodzieżowe.
Historyczne nazwy 1954 – Klub Sportowy „Stal” Warszawa 1972 – Klub Sportowy „Stal-FSO” Warszawa 1979 – Międzyzakładowy Klub Sportowy „Polonez” Warszawa