Kibice klubu do dziś uważają, że to właśnie St.Patrick's Athletic jest prawowitym mistrzem Irlandii sezonu 2001/02. W sezonie tym działacze klubu planowali fuzję z zespołem St. Francis F.C., do której jednak nie doszło po ostrych protestach kibiców.
Latem 2002 roku nowym prezesem klubu został Andrew O'Callaghan. Z miejsca przystąpił do modernizacji klubu i renowacji klubowego boiska. W Pucharze Intertoto St Pats sprawili wielką sensację eliminując po wygraniu obu meczów chorwacki klub NK Rijeka. St. Patrick's Athletic w końcu został wyeliminowany przez belgijski K.A.A. Gent.
W 2004 roku klub obchodził 75 rocznicę swego istnienia. W 2005 federacja zmusiła klub, by swoje mecze domowe wspólnie z klubem Shamrock Rovers rozgrywał na stadionie w Tallaght. Z tego powodu doszło do gwałtownych protestów kibiców klubu oraz grupy zwącej siebie Pats of Richmond. W lipcu 2006 klub, kupując budynek Richmond House pub (znany też jako McDowell's) z przeznaczeniem na przyszły dom klubowy, zasygnalizował swoją wolę pozostania na Richmond Park.
thumb|300px|right|2006 - St. Patrick's Athletic w strojach wyjazdowych W grudniu 2006 roku klub przegrał finał Pucharu Irlandii i wciąż był jedynie dwukrotnym zdobywcą tego trofeum. Na początku 2007 roku St.