Za zespołem wiatrownic manuałowych umieszczone są piszczałki sekcji pedałowej.
Organy mają następującą dyspozycjęDyspozycja organów została opracowana na podstawie stron: Wirtualne Centrum organowe – Słownik terminów organowych https://web.archive.org/web/20180629151248/http://www.organy.art.pl/slownik.php i Gdańskie Organy – Organy Katedry w Oliwie, autor Marek Michalak http://web.archive.org/web/20180629151248/http://www.organy.art.pl:80/slownik.php https://web.archive.org/web/20120315132930/http://www.gdanskie-organy.com/organs.php?lang=pl&loc=oliwa&tab=stoplist. Wynika z nich, iż w polskiej terminologii obowiązuje terminologia niemiecka, jakkolwiek niektóre nazwy instrumentów mogą być tłumaczone na jęz. polski, jeżeli mają odpowiedniki.: Manual I (Schwellwerk) Manual II (Hauptwerk) Manual III (Oberwerk) PedalGeigen principal 8'Aeoline 8'Liebl. Gedackt 8'Liebl. Gedackt 16'Voix celeste 8'Trawers flöte 4'Fugara 4'Schalmei 8'Tremolo Principal 16'Quintatön 16'Principal 8'Doppelflöte 8' Gemshorn 4' (faktycznie rejestr 8')Gamba 8'Octave 4'Spitzflöte 4'Rauschquinte 22/3′Mixtur 3-5 fachCornett 4 fachProgress. harmon.