czynnie zaangażował się, razem z Juliusem Hallervordenem, w nazistowski program przymusowej eutanazji nieuleczalnie chorych dzieci w Brandenburg-Görden.
Po wybuchu II wojny Spatz i jego współpracownicy: Wilhelm Tönnis oraz Richard Lindenberg zostali zmobilizowani przez Luftwaffe i wysłani na front. W 1941 z początkiem nalotów na Berlin wysłano ich z powrotem do Niemiec. W 1945 roku Spatz został aresztowany przez Amerykanów i deportowany w ośrodku w Garmisch-Partenkirchen, po czym zaproszono go do pracy w U.S. Aeromedical Center w Heidelbergu. W tym czasie napisał rozdział o urazach mózgu wśród niemieckich lotników podczas II wojny do wydanego przez amerykańskie wojsko opracowania (Washington DC, US Govt Printing Office, 2 volumes, 1950). W 1947 powrócił do żony i szóstki dzieci w Dillenburgu. Podobnie jak Hallervorden, otrzymał pracę i własne laboratorium w Instytucie w Gießen. Pracował tam do przejścia na emeryturę w 1959, zmarł w 1969 roku. Po śmierci Spatza ukazały się w prasie medycznej nekrologi i artykuły wspomnieniowe, pomijające wątpliwe moralnie wątki kariery neuropatologa.
Uczniami Spatza byli Lindenberg, Thea Lüers, Klaue, Welte, Eicke, Noetzel, Krücke, Peters Becker, Orthner, Diepen, Kahle, Stephan.