Największymi z młynów usytuowanych nad kanałami Młynówki Królewskiej były: Młyn Górny, zlokalizowany na początku dzisiejszej ulicy Łobzowskiej, najprawdopodobniej zbudowany przez budowniczego kanału Młynówki Mikołaja Gerlaka. W 1335 roku król Kazimierz Wielki udzielił jedną trzecią praw do młyna synowi Gerlaka – Bieniaszowi, który sprzedał swoją część praw konwentowi Bożego Ciała na Kazimierzu. W 1769 roku Młyn Górny został przebudowany do postaci murowanej przez Wojciecha Tyrankiewicza i Jana Hermana i w tej formie był użytkowany do początków XX wieku, kiedy to został przekształcony na skład mąki i budynek mieszkalny. Młyn Dolny, powstały po potopie szwedzkim w 1658 roku, na Garbarach w rejonie dzisiejszych ulic Czystej i Dolnych Młynów, zbudowany przez Hieronima Wierzbowskiego, wielkorządcę krakowskiego celem pomnożenia dochodów królewskich. Był wyposażony w osiem kół mącznych i dwa stępne do wyrobu kaszy. Przebudowany w II połowie XVIII wieku, spłonął podczas wielkiego pożaru Krakowa w lipcu 1850 roku, odbudowany po tym wydarzeniu pracował do 1939 roku. Młyn Kutlowski, usytuowany nad wschodnim ramieniem Młynówki Królewskiej.