Począwszy od 1820 roku, unitaryści i federaliści debatowali nad formą rządu i ekonomią państwa. Wraz z triumfem federalistów w Bitwie pod Cepedą, rozpoczął się okres silnej autonomii prowincji i wojen domowych. Unia pomiędzy prowincjami przetrwała tylko dzięki podpisaniu traktatów międzyprowincjalnych. Wojny między prowincjami czy też między Buenos Aires a pozostałymi prowincjami, trwały ponad 40 lat. Wodzowie prowincji zdominowali mapę polityczną pierwszej połowy XIX w., tworząc własne, duże wojska i własne rządy.
W latach 1820–1824 w Buenos Aires rządził Martín Rodríguez, realizując historyczne reformy, kontynuowane przez Gregorio Las Herasa. W 1826 nastąpiło zjednoczenie kraju, a kongres mianował prezydentem centrystę Bernardina Rivadavię. Wojna z Brazylią, zakończyła się niepodległością Urugwaju i ustanowieniem Unii w 1826, doprowadziła do końca prezydencji Rivadavii. Jego następcą został federalista Manuel Dorrego, który zakończył wojnę z Brazylią i uznał niepodległość Urugwaju. Unitaryści, buntujący się pod wodzą Juana Lavalle rozstrzelali Dorrego. Stało się to przyczyną wznowienia wojny domowej między unitarystami i federalistami.