Po występach reprezentacyjnych Japończyk zagrał w zawodach ATP Challenger Tour na Bermudach osiągając finał, w którym pokonał Viktora Troickiego. W maju przystąpił do kwalifikacji do wielkoszlemowego French Open (porażka w II rundzie eliminacji). Na początku czerwca doszedł do III rundy prestiżowego turnieju The Artois Championships w Londynie. Mecz, którego stawką był ćwierćfinał przegrał Rafaelem Nadalem 6:4, 3:6, 6:3. Następnie Nishikori po raz pierwszy wystąpił na Wimbledonie, lecz odpadł z turnieju w I rundzie po porażce z Marcem Gicquelem.
W połowie sierpnia wziął udział w igrzyskach olimpijskich w Pekinie (porażka z I fazie z Rainerem Schüttlerem), a pod koniec miesiąca w US Open. W I rundzie pokonał rozstawionego z nr 29. Juana Mónaco, w II etapie Roko Karanušicia, a w III rundzie nr 4. rozgrywek, Davida Ferrera. Spotkanie o ćwierćfinał przegrał z Juanem Martínem del Potro.
W październiku doszedł do III rundy imprezy w Tokio (porażka z Richardem Gasquetem), a swój ostatni turniej w sezonie rozegrał w Sztokholmie, osiągając półfinał (porażka z Robinem Söderlingiem).
Rok ukończył na 63. pozycji w klasyfikacji singlistów.