Wprawdzie w czasie walk w latach 1632–1642 okresowo ewangelickie nabożeństwa były wznawiane, jednak w 1644 roku zostały definitywnie zlikwidowane.
Sytuacja zmieniła się dopiero po przejęciu Opola przez władze pruskie, co nastąpiło w sto lat później. Ewangelicy powrócili do Opola w 1742 roku, gdy przy garnizonie wojskowym powstała ewangelicka parafia cywilna, złożona głównie z przybyłych z Niemiec urzędników, rzemieślników i fabrykantów. W 1749 roku otwarto szkołę ewangelicką i ponownie podjęto starania o pozwolenie na budowę własnego kościoła. Ponownie zakończyły się one niepowodzeniem, i dopiero po interwencjach u ministra pruskiego ewangelicy otrzymali w 1811 roku kościół przyklasztorny po minorytach. Zabudowania przyklasztorne przeszły w ich władanie w roku 1837. Od tego czasu życie kościelne ewangelickie w Opolu mogło się normalnie rozwijać. Liczba parafian wzrastała, osiągając przed I wojną światową 7,5 tys., a w 1945 roku ok. 10 tys. wiernych.