Sierżant dowiaduj się, że owe „Źródło” jest materiałem genetycznym (DNA) Paxtona Fettela, przechowywanym w ośrodku badań biologicznych.
Podczas gdy Morrison zdobywa DNA Fettela i jest ścigany przez oddział F.E.A.R., w pewnym momencie Repliki zostają dezaktywowane (w wyniku śmierci Fettela w oryginalnej grze). W chwili gdy Morrison ma zostać aresztowany dochodzi do zniszczenia placówki (związanej z Projektem Pochodzenie) oraz powstania masywnych fal uderzeniowych (zbieżne z zakończeniem oryginalnej gry). W powstałym zamieszaniu Morrison ucieka, zaś oraz sierżant ratują się przedostaniem do porzuconej stacji metra – tej samej, przez którą przechodzi w . Podczas nawigacji w gąszczu tuneli ginie w wyniku wciągnięcia w grunt przez paranormalny byt. Ostatecznie sierżant wydostaje się na powierzchnię i udaje mu się skontaktować drogą radiową z kapitanem em, który daje mu zadanie udania się do placówki klonowania. Repliki ponownie aktywują się (w wyniku wskrzeszenia Fettela na początku ).