Mazurkiewicz dwukrotnie zawierał związek małżeński. Pierwszą jego żoną została Kamila z Blauthów (1874), która w marcu następnego roku zmarła wraz synkiem Kazimierzem przy jego porodzie. Powtórnie poślubił w Krakowie w 1888 Marię Jabłońskich herbu Jasieńczyk (1859-1938), o której rękę starał się dziesięć lat. Miał z nią trzech synów – Augusta Mazurkiewicza (1889-1968), Stanisława Mazurkiewicza (1891-1922) i Andrzeja Mazurkiewicza (1893-1968). Przed ożenieniem się zadbał w Krośnie o dom, którym była kamienica zakupiona w 1888 r. W dzieciństwie mieszkał w niej Jan Szczepanik, wynalazca zwany „polskim Edisonem. Mazurkiewicz był miłośnikiem sztuk pięknych, utrzymywał kontakty z działającymi w środowisku artystami (Seweryn Bieszczad, Henryk Grabiński, Aleksander Gryglewski). Wspierał instytucje społeczne.
Od 1900 stan jego zdrowia się pogarszał. Zmarł 21 czerwca 1902. Został pochowany w grobowcu rodzinnym na Starym Cmentarzu w Krośnie.
W stulecie śmierci dra Dionizego Mazurkiewicza Muzeum Podkarpackie ufundowało tablicę pamiątkową umieszczoną na ścianie kamienicy rodzinnej Mazurkiewiczów upamiętniającą zasłużonego dla Krosna społecznika.