Na początku okupacji hitlerowskiej, 9 września 1939 budynek został zarekwirowany przez okupantów na cele administracyjne. Po II wojnie światowej część budynku władze komunistyczne zajęły na starostwo. W 1993 r. biskup tarnowski Józef Życiński rozpoczął budowę Domu Alumna. Budowę kontynuował i ukończył kolejny biskup diecezjalny – Wiktor Skworc.
Rektorzy ks. Andrzej Rainer 1822–1834 ks. Andrzej Ostrawski 1834–1837 ks. Michał Król 1837–1845, 1848–1850 ks. Paweł Bogusz 1845–1847 ks. Jan Mika 1850–1852 ks. Jan Giełdanowski 1852–1856 ks. Marcin Leśniak 1856–1885 ks. Alojzy Góralik 1885–1888 ks. Józef Bąba 1888–1904 ks. Stanisław Dutkiewicz 1904–1921 bp Edward Komar 1921–1936 bł. ks. Roman Sitko 1936–1941 ks. Władysław Węgiel 1941–1962 ks. Józef Pasterski 1962–1963 ks. Władysław Świder 1963–1966 ks. Franciszek Gawlik 1966–1973 ks. Stanisław Rosa 1973–1991 ks. Alojzy Drożdż 1991–1998 abp Stanisław Budzik 1998–2004 bp Wiesław Lechowicz 2004–2008 ks. dr Jacek Nowak 2008–2014 ks. dr hab. Andrzej Michalik 2014–2019 ks. dr Jacek Soprych (od 2019)