Od tej pory celem jej działalności stało się tworzenie drużyn harcerskich w najbliższym sąsiedztwie byłego terenu plebiscytowego oraz w miejscowościach, które w wyniku głosowania przypadły Polsce (Janowo, Lignowy itp.), a także (w miarę możliwości) ponowne organizowanie i wzmacnianie drużyn po drugiej stronie granicy w takich miejscowościach jak Sztum, Kwidzyn, Tychnowo i innych. Jednak działalność NKOH W-M dobiegała już końca. Z powodu zarówno niemożliwości osiągnięcia poważniejszych sukcesów, jak i również likwidacji wszelkich spraw związanych z akcją plebiscytową na terenie Warmii, Mazur i Powiśla, rozkazem Szefa Oddziału II Sztabu z dnia 23 października 1920 r. NKOH W-M została rozwiązana. Przeprowadzenie wszystkich spraw związanych z jej likwidacją miała dokonać Naczelna Komenda Straży Mazurskiej.
NKOH W-M w okresie swej działalności skupiła łącznie w swych zastępach i drużynach harcerskich około 200-250 chłopców. Największe sukcesy odnotowała na Powiślu, znacznie mniejsze na Warmii (wyłącznie na terenie powiatu olsztyńskiego) Prawie zupełnie brakuje informacji na temat jej działalności na terenie Mazur.