Po wprowadzeniu stanu wojennego był jednym z organizatorów strajków w Bytomiu. 22 grudnia 1981 został internowany, a od stycznia do lutego 1982 był tymczasowo aresztowany. W lutym 1982 został skazany przez Sądu Śląskiego Okręgu Wojskowego we Wrocławiu na karę 2 lat pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania na okres 4 lat próby oraz na grzywnę. W kwietniu tego samego roku, na skutek apelacji wniesionej przez prokuratora, Izba Wojskowa Sądu Najwyższego uchyliła warunkowe zawieszenie wykonania orzeczonej wobec niego kary. Wykonanie kary odroczono następnie z uwagi na stan zdrowia skazanego; w 1983 Zenon Pigoń został objęty amnestią. W 1982 został pozbawiony pracy z przyczyn politycznych. Do 1983 redagował założony przez siebie podziemny „Głos Śląsko-Dąbrowski”, po zatrzymaniu go z nakładem tego pisma zaprzestał działalności opozycyjnej. Do 1989 prowadził własną działalność gospodarczą.
W latach 1989–1991 sprawował mandat posła X kadencji z ramienia Komitetu Obywatelskiego, wybranego w okręgu bytomskim.