Od 1860 roku Franz Hein był posłem wiedeńskiej Rady Państwa (Reichsrat), gdzie w roku 1869 został członkiem Izby Panów. W roku 1860, pod wpływem klęsk Austriaków na froncie włoskim, nastąpiła kolejna demokratyzacja monarchii. Na tej fali pod wpływem ruchu czesko-słowiańskiego 15 listopada 1860 roku utworzono gubernię śląsko-morawską ze stolicą w Brnie. Natychmiast zareagowali na to posłowie, należący do Związku Ślązaków Austriackich z Franzem Heinem na czele, którzy 29 marca 1861 roku ponownie wywalczyli usamodzielnienie Śląska Austriackiego oraz jego autonomię wraz z jej atrybutami w postaci Śląskiego Sejmu Krajowego i śląskiego rządu krajowego w Opawie. W piśmie cesarza z 29 marca 1861 roku znalazł się najnowszy edykt niezależności władz krajowych dla krajów: Karyntii, Salzburga (dziś kraje związkowe Republiki Austrii), Krainy (dziś niepodległa Republika Słowenii) i Śląska. Wówczas Franz Hein, będący liderem Związku Ślązaków Austriackich na Śląsku Opawskim, zdobył mandat posła, a następnie funkcję marszałka Śląskiego Sejmu Krajowego. W tym samym roku został burmistrzem Opawy. Równolegle rozwijała się jego kariera zawodowa. W latach 1865–1881 był prezesem Sądu Krajowego (Oberland Gericht) w Wiedniu, a od 1868 również członkiem Dworskiego Sądu Państwowego (Staatsgerichtshofs).