Wody Góry Szczawnickie leżą w całości w zlewisku Morza Czarnego. Powierzchniowe cieki wodne Gór Szczawnickich, a także otaczających je grup górskich i kotlin należą do zlewisk dwóch dużych rzek: Hronu i Ipoli, będących dopływami Dunaju. Do Hronu spływają wody z północnej i zachodniej części grupy (Hodrušská hornatina), zaś do Ipoli ze wschodniej i południowo-wschodniej części grupy (pasmo Skałki i Sitnianska vrchovina).
Góry Szczawnickie są nadzwyczaj ubogie w wody podziemne. Związane jest to z budową geologiczną tych gór (słabo przepuszczalne skały), dużym parowaniem z powierzchni ziemi, a także znacznym obniżeniem poziomu wód podziemnych w centralnej części gór (rejon Bańskiej Szczawnicy) w trakcie wielowiekowej intensywnej działalności górniczej (odwadnianie kopalń).
Wydajność źródeł z reguły nie przekracza 1 litra na sekundę. Większe zasoby wód podziemnych pojawiają się na większych głębokościach (200–300 m) jedynie w obszarach uskoków i złomów tektonicznych.