Dotarł też do finału Pucharu Zdobywców Pucharów, w którym wystąpił przez 90 minut, ale niemiecki klub uległ 0:1 angielskiej Chelsea F.C.
W 1998 roku Yakın znów zmienił barwy klubowe i przeszedł do tureckiego Fenerbahçe SK. W 1999 roku zajął z nim 4. miejsce w Superlidze, a w rundzie jesiennej sezonu 1999/2000 zaliczył tylko 3 spotkania ligowe i na wiosnę był już piłkarzem FC Basel. W klubie z rodzinnego miasta spędził tylko pół roku by latem powrócić do Bundesligi. Został zawodnikiem 1. FC Kaiserslautern, ale pobyt w tym klubie był dla Murata nieudany i na wiosnę 2001 znów był zawodnikiem FC Basel. W 2002 roku wywalczył dublet, w 2003 roku Puchar Szwajcarii, a w latach 2004–2005 dwukrotnie z rzędu zostawał mistrzem Szwajcarii. W sezonie 2005/2006 zaliczył tylko jedno spotkanie i zdecydował się zakończyć karierę z powodu kontuzji.