W 1156 roku odbył się w mieście ślub cesarza Fryderyka I Barbarossy z księżniczką Beatrycze I Burgundzką. Cesarz w 1168 roku przyznał biskupowi miasta tytuł księcia. W 1402 książę biskup Johann von Egloffstein założył w mieście liceum, które później przekształcono w uniwersytet. W 1631 miasto zostało zdobyte przez wojska szwedzkie. W roku 1805 Würzburg stał się stolicą Wielkiego Księstwa, które w 1814 przyłączono do Bawarii.
Od roku 1933 w mieście miały miejsce prześladowania Żydów i palenie książek. W nocy z 9 na 10 listopada w Würzburgu odbyła się tzw. noc kryształowa (Reichskristallnacht) w czasie której zniszczono żydowskie domy towarowe i sklepy na ulicach Eichhornstrasse, Semmelstrasse, Domstrasse, Schönbornstrasse i Kürschner Hof. Członkowie SS i SA zniszczyli także wyposażenie synagogi przy Domerschulstrasse i spalili synagogę w Heidingsfeld. W latach 1941–1943 deportowano ponad 2000 mieszkańców pochodzenia żydowskiego, większość z nich trafiła do obozu koncentracyjnego Theresienstadt oraz obozów zagłady na wschodzie. Podczas nocy 16 marca 1945 miasto, do tego momentu prawie nietknięte przez wojnę, zostało zniszczone w 90% przez nalot brytyjski. Przetrwały najważniejsze zabytki na obrzeżach miasta. Zginęło wówczas około 5 tys. mieszkańców.