Wybrano ją na przedstawicielkę na Nadzwyczajny i II Zjazd Włościański. mały|Marija Spiridonowa w okresie rewolucji 1917 mały|Spiridonowa otoczona chłopskimi delegatami na konferencji 5 stycznia 1918 roku Wstrząśnięta przez terror Lenina (uważała, że zabijać należy wyłącznie wrogów rewolucji, a nie niewinnych robotników czy chłopów), 6 lipca 1918 roku wzięła udział w powstaniu lewicowych eserowców przeciw władzy bolszewickiej, którego sygnałem miał być zamach na ambasadora Niemiec Wilhelma von Mirbacha. Po jego upadku została przewieziona do aresztu domowego na Kreml. Najwyższy trybunał rewolucyjny RFSRR skazał ją na rok więzienia, jednak w uznaniu zasług dla ruchu lewicowego darowano jej karę.
Aresztowania W latach 1919–1921 Spiridonowa była wielokrotnie aresztowana i więziona, m.in. w zakładzie psychiatrycznym (tzw. Psychuszce) wskutek decyzji Dzierżyńskiego, który w 1921 roku napisał do szefa tajnego wydziału Czeki Samsonowa:
U Spiridonowej, która faktycznie cierpiała na problemy psychiczne od czasu pobicia jej przez policję carską w 1906 roku, zdiagnozowano „histeryczną psychozę”. W lutym 1919 roku sąd uznał ją za niepoczytalną i wysłał na przymusowe leczenie do szpitala psychiatrycznego w Kazaniu.