W międzyczasie w czerwcu 1956 by uniknąć powołania do wojska podjął pracę badawczą w Pentagonie w nowo formowanej Grupie Oceniającej Systemy Broni (Weapons Systems Evaluation Group (WSEG)), pracującej na zlecenie Institute for Defense Analyses. Niebawem został wysłany do Sandia National Laboratories, by zdobyć wiedzę o broni nuklearnej i stał się fanem modelowania komputerowego. W listopadzie 1956 został dyrektorem działu matematyki w WSEG. W tym samym czasie ożenił się z Nancy Gore. By bronić pracę doktorską przerwał pracę w WSEG i wrócił do Princeton. Po powrocie do WSEG kontynuował badania, wiele z nich zostało utajnionych, m.in. nad projektem pocisków typu Minuteman, doradzał administracji prezydenta w sprawie użycia broni nuklearnej, pracował nad efektami opadu radioaktywnego w przypadku wojny nuklearnej.
W lipcu 1957 urodziła się jego córka Elizabeth.
Na przełomie marca i kwietnia 1959, na prośbę Wheelera, Everett spotkał się w Kopenhadze z Nielsem Bohrem, niekwestionowanym "ojcem mechaniki kwantowej". Bohr nie zmienił zdania i nie potraktował idei wielu światów Everetta poważnie.