Okoliczności śmierci Po samospaleniu Jana Palacha, Zajíc uczestniczył w głodówce protestacyjnej, która zakończyła się w dniu pogrzebu Palacha. Mniej więcej miesiąc później załamany postępującą tzw. normalizacją i tym, że czyn Palacha nie spowodował trwałych reakcji społecznych postanowił go naśladować. W rocznicę przewrotu komunistycznego z 1948 r. pojechał pociągiem do Pragi wraz z trzema szkolnymi kolegami. Czechosłowacka Służba Bezpieczeństwa wiedziała o jego wyjeździe i z tego powodu Zajíc nie zamierzał się nigdzie zatrzymywać. Po przyjeździe do Pragi kupił w drogerii na ulicy Vodičkovej materiały łatwopalne, pożegnał się z kolegą, któremu oddał dowód osobisty, odezwę do narodu czechosłowackiego, list do rodziców i przyjaciela w Pradze. Potem udał się na Plac Wacława. W jego górnej części w przejeździe domu nr 39 oblał się 7–8 litrami benzyny. Zamierzał wybiec na ulicę, ale to mu się nie udało. Spłonął w głębi przejazdu i zmarł na miejscu. Tragedia rozegrała się ok. 13:30–13:45.
Jan Zajíc pragnął być pochowany w Pradze, ale na to nie zgodziła się Służba Bezpieczeństwa. Jego zwłoki przewieziono do Vítkova, gdzie 2 marca 1969 r. odbył się pogrzeb, w którym uczestniczyło ok. 10 000 osób.