STS-51-J – Atlantis F-1 Podczas swojego trzeciego lotu K. Bobko dowodził misją STS-51-J. Był to pierwszy lot wahadłowca Atlantis. Start nastąpił 3 października 1985. Pozostałymi członkami załogi byli: Ronald J. Grabe – pilot wahadłowca, David C. Hilmers (specjalista misji - MS-1), Robert L. Stewart (MS-2) i (MS-3). Była to druga misja w całości wykupiona przez Departament Obrony Stanów Zjednoczonych. Utajniony był jej przebieg jak również ładunek użyteczny zabrany na orbitę. W trakcie lotu prom znalazł się 515 km nad Ziemią. Na orbicie umieszczono dwa satelity wojskowe. Astronauci przeprowadzili też jeden cywilny eksperyment, podczas którego określano stopień przenikania promieniowania kosmicznego w różnych częściach kabiny. 7 października 1985 Atlantis wylądował w bazie Edwards.